1
Le choix de la méthode de diagnostic le plus adapté dépend de l’objectif diagnostic. Pour suivre les élevages négatifs on préfère des méthodes très spécifiques alors que pour analyser la semence de verrats individuels on demande des méthodes à sensibilité maximale et détectant l’infection le plus tôt possible.
En programmant et en exécutant un programme de contrôle du SDRP, le mieux est d’opter pour une combinaison d’ELISA et de PCR suivies par le séquençage d’ADN. Le protocole de prélèvement dans un élevage concret doit être planifié selon l’objectif de diagnostic et l’organisation de l’élevage. La question, plus simple, de savoir si un élevage est ou non infecté par le virus du SDRP, peut trouver réponse avec un test ELISA sur 10 à 20 porcs d’engraissement. Une analyse détaillée de la circulation du virus du SDRP dans un élevage naisseur-engraisseur ou multisite, demande l’analyse d’un grand nombre d’échantillons qui représentent différents groupes d’âge et tous les sites puisqu’ils peuvent représenter des écosystèmes viraux indépendants.
L’interprétation de la séroconversion ou de la détection du virus dans les élevages où on utilise des vaccins vivants modifiés représente un défi puisqu’il (1) n’y a pas de vaccins marqués (délétés) sur le marché, (2) les virus vaccinaux peuvent rester dans les élevages vaccinés et (3) ils peuvent coexister avec les souches sauvages du virus au moins pendant un temps. Dans ces élevages, on demande le séquençage d’amplicons d’ADN obtenue de différents groupes d’âge pour comprendre totalement la circulation du virus.
L’analyse sérologique par ELISA est facile à faire et a souvent une bonne spécificité et sensibilité quand on l’applique à tout l’élevage. Cependant, le sang d’animaux individuels, particulièrement de porcs adultes, peut produire de faux positifs. Cela constitue un problème dans le suivi des populations négatives et demande la répétition de l’analyse des échantillons par une autre méthode (par exemple IPMA, IFA ou autre test ELISA de meilleure spécificité), ou de nouveaux prélèvements après 2-3 semaines. On prend rarement en compte cette part de performance des tests ELISA quand on évalue les compétences diagnostiques. La faible sensibilité d’un test ELISA peut être compensée en augmentant le nombre d’échantillons analysés alors que la faible spécificité demande toujours l’application d’outils supplémentaires.
Généralement tout test ELISA est utile pour la détection d’anticorps contre tout génotype du virus du SDRP mais les kits qui utilisent seulement des antigènes d’un génotype sont souvent moins sensibles vis à vis d’un autre génotype. Il y a aussi des kits pour différencier la séroconversion contre les deux génotypes mais, à cause de la réaction sérologique croisée entre les deux, les résultats doivent être interprétés avec soin. La discrimination avec la PCR est toujours recommandée pour confirmer le diagnostic de la coïnfection d’un élevage avec les deux génotypes.
Les méthodes PCR détectent les acides nucléiques viraux en se basant sur l’union complémentaire d’oligonucléotides synthétiques courts (primaires) à un fragment particulier du génome viral qui est ensuite amplifié par une réaction enzymatique. Dans la plupart des méthodes de PCR temps réel, le produit de la réaction est détecté par le suivi du signal émis par la sonde ADN après s’être unie à la séquence spécifique. A cause de la nature de cette réaction, ce signal peut aussi être émis en l’absence de séquence virale, spécialement sur les derniers cycles de la PCR ce qui peut avoir l’air d’un faible positif.
Ellingson 2013, thèse, Iowa SU
Cependant, la préoccupation la plus importante par rapport aux méthodes RT-PCR est en relation avec la diversité génétique élevée du virus ce qui peut donner lieu à l’accumulation de mutations dans les nucléotides à l’intérieur des fragments de génome dans lesquels s’unissent les primaires et les sondes ce qui peut donner de faux négatifs de la PCR. Une analyse comparative de kits RT-PCR commerciaux réalisée par un laboratoire de référence de l’OIE (Podgorska et al.,2015) a indiqué que certains kits échouaient devant beaucoup de souches de type 1 du virus du SDRP originaires majoritairement de l’est de l’Europe. A cause de la disponibilité limitée de séquence d’Europe de l’Est, la plupart des primaires et sondes utilisées dans les méthodes actuelles ont été développés sur la base des souches classiques de type 2 et de type 1 sous-type 1, alors que les souches d’Europe de l’Est des sous-types 2-4 sont génétiquement très divergents (Stadejek et al. 2013). De plus, certaines d’entre elles ont démontré être plus virulentes que les souches circulant dans l’ouest et le centre de l’Europe et c’est pourquoi on devrait y porter une attention particulière pour assurer une détection précoce en cas de propagation.
Actuellement, on ne peut recommander aucune analyse RT-PCR comme méthode universelle qui permette la détection de toutes les souches du virus du SDRP avec une sensibilité optimale. Ces observations mettent en évidence la nécessité d’une évaluation exhaustive des méthodes utilisées aujourd’hui et leur validation constante en fonction des souches circulant à chaque moment. Pour cela, il faut se créer une collection de souches du virus du SDRP qui englobe la diversité génétique connue du virus, ce qui est pour le moment l’un des objectifs les plus importants des laboratoires de référence du SDRP.
