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SDRP: variabilité du temps pour récupérer la stabilité dans les élevages de truies aux USA

Les épidémies dans le même élevage ont-elles un temps jusqu'à la stabilité similaire? Quels facteurs peuvent affecter le temps jusqu'à la stabilité?

Variabilité du temps jusqu'à la stabilité

Le délai pour récupérer la stabilité ou temps jusqu'à la stabilité (ou TTS, Time-To-Stability) est le temps nécessaire au site pour sevrer les porcelets avec une PCR négative contre le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire du porc (SDRP) après une épidémie. Le TTS est une mesure importante pour quantifier la durée de l'élimination du virus, pour planifier la durée de la fermeture de l'élevage et pour évaluer les interventions utilisées dans l'élevage de truies. Pour tenter de normaliser les critères de classification et la stratégie d'analyse de la maladie, Holtkamp et al. (2011) ont suggéré que, pour déplacer un élevage dans la catégorie positif stable, il était nécessaire d'obtenir quatre résultats de PCR négatifs consécutifs chez 30 porcelets sur le point d'être sevrés, à 30 jours d'intervalle. Il est important de noter que stabilité ne signifie pas négativité. Le concept de stabilité n'exclut pas que le virus puisse encore être présent à de faibles niveaux dans l'élevage bien qu'il soit indétectable selon la stratégie d'analyse suggérée chez les porcelets au moment du sevrage.

Quels facteurs peuvent affecter le temps jusqu'à la stabilité ?

Linhares et al. (2014) ont observé que les élevages qui ont procédé à l'inoculation du virus vivant (IVV) au cours d'une épidémie pour homogénéiser l'élevage ont atteint la stabilité environ sept semaines plus tôt que ceux qui utilisaient un vaccin vivant modifié. De plus, les élevages qui avaient déjà eu une épidémie de SDRP étaient stabilisés environ trois semaines plus tôt que ceux qui n'avaient pas d'antécédents de SDRP.

Le virus peut être classé à l'aide de trois chiffres définis par la position où trois enzymes coupent le génome du virus du SDRP. Cette nomenclature est connue sous le nom de modèle RFLP (restriction fragment length polymorphism). Après l'apparition du modèle RFLP 1-7-4 aux États-Unis en 2014, des rapports anecdotiques ont suggéré une augmentation du TTS dans les élevages présentant des épidémies avec le 1-7-4. Notre équipe a récemment observé que les épidémies par 1-7-4 avaient un TTS plus long que les épidémies avec d'autres modèles RFLP (Sanhueza et al., 2018), ce qui concorde avec une observation antérieure (Linhares et al., 2017). ). En particulier, les épidémies de SDRP survenues au printemps / été avaient un TTS beaucoup plus long que les épidémies survenues en automne / hiver (figure 1).

 

Figure 1: Délai de stabilité par rapport au SRRP observé en fonction de la saison au cours de laquelle le foyer est apparu. La ligne en pointillé représente la valeur moyenne générale (43,9 semaines). Chaque cadre représente 50% des données (percentiles 25 à 75) et la ligne noire dans le tableau représente la médiane (percentile 50) telle que la moitié des foyers avaient un TTS supérieur à cette ligne et l'autre moitié en dessous de cette ligne pour chaque saison.

 

Figure 1: Délai de stabilité par rapport au SRRP observé en fonction de la saison au cours de laquelle le foyer est apparu. La ligne en pointillé représente la valeur moyenne générale (43,9 semaines). Chaque cadre représente 50% des données (percentiles 25 à 75) et la ligne noire dans le tableau représente la médiane (percentile 50) telle que la moitié des foyers avaient un TTS supérieur à cette ligne et l'autre moitié en dessous de cette ligne pour chaque saison.

Bien que le TTS puisse varier considérablement d'une entreprise à l'autre (Linhares et al., 2014), il peut également varier entre les élevages d'une même entreprise et entre les épidémies dans un même élevage. Cependant, il existe peu d'informations sur l'ampleur et l'importance relative de ces sources de variation.

Les épidémies dans un même élevage présentent-elles un temps jusqu'à la stabilité similaire ?

Pour répondre à cette question, nous travaillons avec six entreprises situées dans le Midwest américain. Ces sociétés effectuent des prélèvements similaires pour classer l'élevage comme stable pour le virus du SDRP, en utilisant la terminologie de Holtkamp et al. (2011). Les épidémies de SDRP déclarées entre 2011 et 2017 ont été utilisées pour calculer le TTS. Pour comparer le TTS dans le même élevage, seules les élevages ayant eu au moins deux épidémies de SDRP ont été sélectionnées.

En résumé, 53 élevages ont été inclus et ont déclaré 133 foyers dans l'étude. La majorité des élevages (n ​​= 35) ont signalé deux foyers. Onze élevages ont signalé trois foyers, cinq élevages ont déclaré quatre foyers et deux élevages cinq. Dans la plupart des cas, l'intervention utilisée pour exposer l'ensemble de l'élevages après les épidémies était l'IVV (110/117 épidémies avec des informations sur l'intervention). Le TTS moyen total était de 43,9 semaines (dernier test PCR négatif).

La figure 2 montre les TTS des épidémies de SDRP observées dans les 53 élevages. La différence moyenne de TTS entre les épidémies au sein du même élevage était de 25,7 semaines avec un intervalle compris entre 0 et 160 semaines. Bien que nous ayons pris en compte l’effet de plusieurs facteurs susceptibles d’affecter le TTS (saison de l’année, type de RFLP, année due l'épidémie, antécédents de SDRP et intervention utilisée pour homogénéiser l'élevage), la majeure partie de la variation du TTS se produisait entre les épidémies du même élevage. En d'autres termes, le TTS de deux épidémies données sur le même élevage à des moments différents était très différent (Figure 2) et une telle différence peut être attribuée à des facteurs intrinsèques spécifiques de l'élevage. Les différences de TTS entre les entreprises ont eu un impact mineur sur la variabilité des TTS.

Figure 2: Temps jusqu'à la stabilité par rapport au SRRP dans chaque élevage sur 53 élevages de truies du Midwest américain. Chaque point représente le TTS observé pour chaque foyer dans un élevage donné.

Figure 2: Temps jusqu'à la stabilité par rapport au SRRP dans chaque élevage sur 53 élevages de truies du Midwest américain. Chaque point représente le TTS observé pour chaque foyer dans un élevage donné.

Quels autres facteurs pourraient expliquer les différences de temps jusqu'à la stabilité de deux épidémies ou plus dans le même élevage?

Bien que les caractéristiques virales (par exemple, le modèle RFLP, l’intervention mise en œuvre après l’épidémie, la saison de l’année où l’épidémie s’est produite et l’entreprise) puissent influer sur le TTS, deux épidémies de SDRP au sein du même élevage peuvent avoir des TTS très différents. Par conséquent, un même élevage peut avoir des épidémies avec des TTS courts et longs, ce qui explique la frustration des producteurs et des professionnels qui cherchent à atteindre la stabilité. Ces résultats suggèrent qu’il est probable que d’autres facteurs, non évalués, soient associés à chaque foyer (par exemple, la gestion des foyers, la saison des foyers, l’expérience ou la formation du chef d’exploitation ou des travailleurs, les mesures de contrôle mises en place et la biosécurité interne) ont un impact plus important sur le TTS et peuvent également aider à expliquer la grande différence de TTS entre deux foyers au sein du même élevage

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