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Analyse génétique moléculaire globale du PCV2

Microphotographie éléctronique de deux corps d'inclusion dans le cytoplasme d'un macrophage qui incluent un nombre très élevé de particules de PCV2. 150.000x. Source: Carolina Rodríguez-Cariño, CReSA

Microphotographie éléctronique de deux corps d'inclusion dans le cytoplasme d'un macrophage qui incluent un nombre très élevé de particules de PCV2. 150.000x. Source: Carolina Rodríguez-Cariño, CReSA

Les tests diagnostiques actuels sont très puissants, en nous permettant même de détectyer de petits changements dans le génôme d'un virus mais que nous disent-ils ?

Mardi 18 Juillet 2017 (il y a 4 mois 24 jours)
guillaumet

ArtIcle

J Gen Virol. 2015 Jul;96(Pt 7):1830-41. doi: 10.1099/vir.0.000100. Epub 2015 Feb 23. Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d. Xiao CT, Halbur PG, Opriessnig T.

Qu'étudie-t-on ?

1.680 ORF2 (open reading frame 2) de PCV2 ont été analysées et comparées en utilisant différentes méthodes statistiques popur évaluer la relation phylogénétique des souches de PCV2.


Comment l'étudie-t-on ?

Les analyses phylogénétiques de 1.537 séquences de gènes ORF2 de PCV2 qui avait été publiées avant Février 2014 dans « GenBank » (une base mondiale Internet de données génomiques) et de 143 séquences ORF2 supplémentaires de la base de données du laboratoire de diagnostic de l'Iowa State University (au total 1.680 séquences ORF2) ont été effectuées.

Quels sont les résultats ?

L'étude a confirmé que le PCV2 peut être divisé en 4 sous-types principaux: PCV2a, PCV2b, PCV2c et PCV2d. En outre, les auteurs ont décrit six clades intermédiaires plus petits parmi ces sous-types. L'un de ces clades intermédiaires semble être limité à l'Asie. Cependant, on a décrit des souches de ce clade d'e façon constante, il peut donc être considéré comme un clade actif. Les autres clades intermédiaires comprennent un nombre très limité de souches et peuvent donc être considérés comme inactifs. Ils peuvent représenter de petits groupes disparus de souches qui ont présenté une faible vitalité, des souches intermédiaires de l'évolution du virus ou des artefacts de l'analyse . PCV2c semble être un groupe éteint du virus. L'affiliation de souches individuelles à différents génotypes et clades intermédiaires dépend parfois du modèle statistique utilisé et du nombre de souches de référence utilisées dans l'analyse.

Les résultats confirment également qu'il y a eu deux changements majeurs d'un sous-type à l'autre: en 2003, avant l'utilisation de vaccins contre PCV2, il a eu un changement du PCV2a au PCV2b et le second changement a été du PCV2b au PCV2d, qui a eu lieu aux États-Unis principalement entre 2011 et 2014.

D'autres analyses phylogénétiques suggèrent que le PCV2b comme le PCV2d ont évolué indépendamment les uns des autres depuis plus de 20 ans. Au sein de chaque sous-type une divergence génétique progressive est détectée. La raison pour laquelle le PCV2 a un taux de mutation élevé et une telle diversité génétique, peu fréquente chez les virus ADN, est inconnue. On ne connaît pas non plus les causes ni de l'apparition constante de souches ni des changements de génotypes observés. Le premier changement est arrivé avant l'introduction de vaccins contre le PCV2.

Quelles conclusions tire-t-on de ce travail ?

Cette étude montre que le PCV2 évolue beaucoup plus rapidement et est très diversifié par rapport à d'autres virus à ADN. L'industrie porcine doit rester vigilante, suivre l'évolution du PCV et déterminer sa pertinence pour le contrôle des PCVD.

<p>Enric Marco</p>
La vision du terrain par Enric Marco

Nous ne cessons pas d'apprendre et d'être surpris. Nous avions appris que les virus à ADN étaient beaucoup plus stables que ceux à ARN et donc que leur évolution était moins dynamique. Cependant, en ce qui concerne le PCV2, si l'on considère que c' est un virus que nous connaissons depuis peu de temps (le premier séquençage fut sur des échantillons de 1967 ), la vérité est qu'il n'a pas cessé d'évoluer. Son génotype n'a pas cessé de changer, si bien que le sens de cette dynamique en termes pratiques ou des applications, n'est pas clair.

Des conclusions de l'article, il en ressort le soupçon que la présence accrue de génotype PCV2d serait liée à l'utilisation étendue des vaccins, car la plupart de ses isolements sont issus d'échantillons prélevés dans les élevages à problèmes, malgré l'utilisation du vaccin. Cette coïncidence a fait circuler la croyance dans certains groupes de techniciens, que les vaccins ne protègeraient pas également contre tous les types génétiques de PCV2 découverts. Cependant, je pense qu'il est juste de dire que cet article n'affirme cela à aucun moment. En fait, l'un de ces auteurs a publié plus d'un article démontrant l'efficacité des vaccins commerciaux basés sur le génotype PCV2a contre les autres, y compris le PCV2d.

On ne devrait pas être surpris de constater que la plupart des nouveaux isolats génotypés le sont à partir d'échantillons d'élevages ayant des problèmes, en dépit d'avoir vacciné leurs animaux. S'il n'y a pas de problèmes, il n'y a pas besoin d'échantillons. D'autre part, il est fort probable que les élevages à problèmes utilisent le vaccin commercial. Lorsque nous rencontrons des situations où les porcs présentent des symptômes évocateurs d'une circovirose, la vaccination est la première étape que tous appliquent (avant même d'effectuer tout test de diagnostic) et quand elle est déjà mise en œuvre on vérifie que cela soit fait correctement, car l'efficacité de vaccins est telle que nous sommes surpris qu'elle puisse être en échec.

L'article démontre la puissance des tests de diagnostic que nous avons aujourd'hui. Les tests qui nous permettent de détecter de petits changements dans le génome d'un virus et qui, malgré les limites, nous permettent d'établir même des chronologies d'apparition de ces changements, en pouvant établir des relations de proximité ou de distance génétique entre les différents isolats. Mais malheureusement, la relation spécifique entre le génotype et le phénotype n'est pas toujours connue et c'est le cas. Les changements génétiques peuvent ou non être liés à des changements dans la pathogénie et / ou antigéniques, mais pour le moment et dans ce cas particulier, nous ne le savons pas. Nous allons devoir attendre que la science avance et réussisse à clarifier les doutes que nous avons encore concernant le PCV2.

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