SDRP : Comment définir la taille de l’échantillon à analyser ?

Les différentes techniques d'analyse sérologie, PCR, séquençage, nous permettent de détecter le virus du SDRP au sein du troupeau, de diagnostiquer l'infection et de déterminer le niveau de circulation virale d'un élevage infecté.


Les différentes techniques d'analyse sérologie, PCR, séquençage, nous permettent de détecter le virus du SDRP au sein du troupeau, de diagnostiquer l'infection et de déterminer le niveau de circulation virale d'un élevage infecté.

Pour utiliser au mieux ces analyses et ne pas interpréter les résultats de manière fausse, il est nécessaire de s'appuyer sur des règles pratiques fixant la taille de l'échantillon à analyser, c'est-à-dire le nombre d'animaux à prélever.

Ce nombre d'animaux à prélever, défini au préalable, dépend de cinq facteurs majeurs que l'on peut schématiser de la façon suivante :



Chaque technique d'analyses présente une sensibilité et une spécificité propre.

La sensibilité est l'aptitude d'un test à attribuer un résultat positif à un animal infecté. Quelque soit la méthode d'analyse, une petite partie des sujets infectés présente des résultats faux négatifs.
La spécificité est l'aptitude d'un test à attribuer un résultat négatif à un animal indemne. De même, une petite partie des sujets indemnes génère des résultats faux positifs.

Les valeurs prédictives ou confiances d'un résultat permettent de répondre aux questions :

=> parmi les positifs, lesquels sont de vrais positifs, c'est-à-dire des infectés ?
=> parmi les négatifs, lesquels sont de vrais négatifs, c'est-à-dire des indemnes ?


Ces valeurs dépendent de la sensibilité et de la spécificité du test mais aussi de la fréquence de la maladie dans la population :

=> la confiance d'un résultat positif est élevée en milieu très infecté et faible en milieu peu infecté,
=> à l'inverse, la confiance d'un résultat négatif est élevée en milieu peu infecté et faible en milieu très infecté.


Ces rappels faits, nous allons illustrer les règles qui définissent le nombre d'animaux à prélever dans les trois cas suivants :

=> Diagnostic de l'infection par le SDRP,
=> Qualification du statut d'un élevage non vacciné,
=> Diagnostic de stabilité d'un élevage positif vis-à-vis du SDRP et circulation en PS/Engraissement.


1 - Diagnostic de l'infection : élevage infecté avec des signes cliniques.

Le diagnostic de l'infection met en relation les symptômes cliniques évocateurs du SDRP et la détection du virus sur les animaux présentant ces signes.


Dans ce cas, on suppose que le virus touche près de 100% des animaux présentant des signes cliniques évocateurs.
La taille de l'élevage est dans ce cas moins déterminante. Le nombre d'animaux prélevé dépend de la sensibilité de l'outil de diagnostic.

Outil de diagnostic Statut vaccinal du troupeau Modalités pratiques Coût H.T.
Sérologie IgM Non vacciné . 1 prise de sang par sujet de 5 à 21 jours après l'épisode clinique
. 5 à 10 animaux
20,34 €/animal

Soit de 82,50 à 165 €
Sérologie IgG Non vacciné . Prise de sang le jour et 4 semaines plus tard après l'épisode clinique
. 5 à 10 animaux
16,06 €/animal

Soit de 80,30 à 161 €
PCR Non vacciné
Vacciné
. Prise de sang avorton – organes le jour ou les jours qui suivent l'épisode clinique
. 2 à 5 animaux
34,55 €/PCR
(à diviser par le nombre de prélèvements poolés)

2 - Qualification du statut d'un élevage non vacciné.

L'objectif est de détecter la présence ou de confirmer l'absence du virus SDRP afin de qualifier le statut de l'élevage : statut positif ou statut indemne. On utilise la sérologie (technique Elisa).

Ici, par élevage indemne, on entend qu'aucun des animaux de l'exploitation n'a développé d'anticorps contre le virus (réaction sérologique négative sur la totalité des animaux ou un échantillon représentatif comme défini ci-dessous)

Le nombre d'animaux à prélever dépend de la taille de l'élevage, du pourcentage supposé d'animaux infectés (prévalence de la maladie) et du niveau de risque accepté (généralement 1 à 5%).

Nombre d'animaux à prélever en fonction de la taille de l'élevage et de la prévalence de la maladie au risque de 5%

Nbre de truies
Prévalence du SDRP supposé dans l'élevage
1%
5%
10%
20%
40%
50%
100
95
45
25
13
6
5
200
155
51
27
14
6
5
400
211
55
55
14
6
5
1000
258
57
57
14
6
5


En pratique, la détection de l'infection pour des faibles prévalences (< 5%) est très difficile ou onéreuse en raison du nombre important d'analyses à effectuer.
Si nous ne réalisons que 5 prélèvements, nous ne pouvons mettre en évidence l'infection que si le SDRP infecte au minimum 50% des animaux, c'est-à-dire une situation de forte circulation virale.
On utilise une prévalence supposée de 10% sur le cheptel truies et de 10% sur l'engraissement.

En pratique, pour des raisons de coût d’analyses, on utilise les règles suivantes :

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Truies Sérologie 10% du cheptel
avec un minimum de 15 truies, un maximum de 30 truies
1 prise de sang/animal 8,03 €/individu
Soit de 120,45 à 241 €
Porcs charcutiers âgés de plus de 120 jours Sérologie 30 porcs issus de 2 à 3 bandes 1 pise de sang/animal 8,03 €/individu
Soit 241 €


Pour un cheptel de 200 truies : coût total de 458 €
Pour un cheptel de 500 truies : coût total de 482 €

Cependant :
­ Le statut d'un élevage est susceptible d'évoluer rapidement lorsqu'il est en zone à risque et/ou la biosécurité est médiocre. La fréquence des contrôles doit alors permettre de valider le statut dans le temps.
­ Il est impossible de conclure à la négativité de la totalité de son troupeau sauf prélèvement de tous les animaux présents.

3 - Diagnostic de stabilité du naissage et circulation en post-sevrage/engraissement

Dans ce cas, le statut de l'élevage est connu : il est positif vis-à-vis du SDRP. L'objectif est de savoir si le virus circule toujours dans l'élevage (voir article 4).
Le statut vaccinal de l'élevage varie.
Le contrôle de stabilité fait appel à la fois à la sérologie (technique Elisa) et à la virologie (technique PCR). On utilise les mêmes règles statistiques que dans le cas de la qualification du statut d'un élevage en estimant la prévalence de la maladie dans l'élevage à 10%.

a) Stabilité du naissage

· 1er cas : Réception de cochettes indemnes et non vaccination des truies (ou vaccination avec un vaccin inactivé)

Etape 1 : Sérologies sur des truies jeunes (rang 0, 1, 2 ou moins de 4 injections de vaccins)

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Jeunes truies rang 0, 1, 2 ou moins de 4 injections de vaccins Sérologie 10% du cheptel
avec un minimum de 15 truies, un maximum de 30 truies
1 prise de sang/animal 8,03 €/individu
Soit de 120,45 à 241 €


Pour un élevage de 200 truies, coût total de 161 €.
Pour un élevage de 500 truies, coût total de 241 €.

Etape 2 : Si l'élevage est stable, vérifier s'il reste des vieilles truies porteuses du virus (voir étape 3 du 2ème cas)

· 2ème cas : Vaccination des truies avec un vaccin vivant ou réception de cochettes positives quelque soit le statut vaccinal de l'élevage.

Etape 1 : Etude de la transmission virale mère - porcelet en maternité. Objectif : savoir si une partie des porcelets est infectée en maternité

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Porcelets au sevrage PCR Conduite 3 semaines 1 porcelet/portée avec un minimum de 30

Conduite semaine : 1 porcelet/portée avec un maximum de 30 porcelets sur 3 bandes consécutives
1 prise de sang/animal Pool de 3 PCR

Pour 30 analyses : 345,50 €


Etape 2 : Etude de la transmission virale au sein du cheptel truies.

Cette étape correspond à une cinétique sur des cochettes sentinelles, c'est-à-dire non vaccinées et contrôlées négatives SDRP à l'arrivée, mises en contact quotidiennement avec les truies.

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Cochettes sentinelles PCR sérologie 1 cochette/100 truies avec un minimum de 3 cochettes 1 prise de sang au départ (PCR + sérologie)
puis
1 prise de sang tous les 15 jours pendant 2 mois
5 PCR
et 5 sérologies par individu

Pour un élevage de 200 truies (3 cochettes sentinelles soit 5 PCR et 15 sérologies): coût total de 293 €.
Pour un élevage de 500 truies : coût total de 546 €.

Etape 3 : Etude de la présence de truies porteuses
Objectif : bilan du portage viral par les truies

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Truies de réforme PCR 1 truie de réforme pour 100 truies avec un minimum de 3 Prélèvement des amygdales et des ganglions de chaque truie et PCR et pool de prélèvement par sujet 1 PCR/sujet

soit 34,55 € par individu

Pour un élevage de 200 truies : coût total de 104 €.
Pour un élevage de 500 truies : coût total de 173 €

b) Situation de l'engraissement

· 1er cas : l'éleveur ne vaccine pas les porcelets

Objectif : connaître la situation en post-sevrage et engraissement.
Le statut de l'élevage est positif. On utilise une prévalence estimée à 20% dans l'élevage.

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Porcelets en fin de PS

Porcs charcutiers en fin d'engraissement
Sérologie 15 porcelets en fin de PS

15 porcs charcutiers en fin d'engraissement
1 prise de sang/porc 8,03 €/individu

241 € quelque soit la taille de l'élevage


· 2ème cas : l'éleveur vaccine les porcelets (vaccin vivant)

La méthode sérologique ne peut être utilisée que sur une bande sentinelle, c'est-à-dire non vaccinée, qui sera suivie régulièrement tous les mois.

Catégorie d'animaux prélevés Outil de diagnostic Nombre d'animaux prélevés Modalité Coût H.T.
Porcelets non vaccinés Sérologie Conduite 3 semaines : 10 porcelets sur une bande non vaccinée

Conduite semaine : 10 porcelets sur 3 bandes non vaccinées
1 prise de sang par porc toutes les 4 semaines du sevrage à 26 semaines d'âge 7 sérologies par individu : 56,21 €
Coût par bande suivie : 562 € quelque soit la taille de l’élevage.


Conclusion

La taille de l'échantillon à analyser doit être donc définie en fonction de l'objectif des analyses à réaliser, de la prévalence supposée de la maladie dans l'élevage, de la technique d'analyse choisie, de la taille de l'élevage et du niveau de risque.

Même si le coût des analyses est toujours à prendre en compte, il ne faut pas écarter les règles pratiques d'échantillonnage dans le choix des nombres de prélèvements et d'analyses.

Le non-respect de ces règles conduit en effet à une interprétation faussée des résultats.

Pensez-vous que la vaccination de masse au vaccin vivant :
Est un outil efficace pour stabiliser voire éradiquer le SDRP d’un élevage ?
Est une chose impensable et irréaliste ?
Vous pouvez faire part de votre expérience sur le forum de discussion
Le prochain chapitre vous apportera des éléments sur cette question

Auteurs :

Philippe LE COZ, Françoise DAVID, Patrick PUPIN, Nathalie PEREZ et Guillaume FRIOCOURT, Selvet-Conseil, 22 - Loudéac
Florian VOISIN, Valérie NORMAND et Arnaud LEBRET, Cabinet Consultant en Elevage Porcin, 56 - Pontivy

Expérience pratique du SDRP

SDRP : stabilisation d’un élevage instable actif07-Jan-2008 il y a 10 ans 10 jours
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