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Étudier le génome du virus de la peste porcine africaine (PPA) revient à essayer de lire un manuscrit de plusieurs milliers de pages, rédigé dans une langue inconnue et sur lequel les informations sont encore incomplètes. Ce pathogène, responsable d'une maladie virale dévastatrice qui touche aussi bien les porcs domestiques que les sangliers, représente actuellement l'une des plus grandes menaces pour la production porcine mondiale. Cependant, malgré des décennies de recherche, son génome est loin d'être entièrement décrypté.
Un virus “exceptionnel”
Le premier obstacle à son étude est la taille et la complexité de son génome. Avec une taille comprise entre 170 et 193 kilobases, le virus de la PPA possède le génome le plus étendu connu parmi les virus à ADN qui infectent les animaux. Il contient plus de 150 gènes, dont beaucoup ont des fonctions encore inconnues ou difficiles à interpréter.
À titre de comparaison, le virus de la grippe, beaucoup plus étudié, ne compte que huit segments génomiques et un peu plus d'une douzaine de protéines.
Cette énorme complexité génétique n'est pas seulement une curiosité biologique : elle représente un véritable défi technologique. Les régions répétées, les gènes dupliqués et les variations structurelles rendent difficile un séquençage complet et précis.
Peu de séquences, beaucoup d'inconnues
Pour compliquer encore la situation, il existe une pénurie de génomes complets partagés dans les bases de données internationales. Malgré la propagation mondiale du virus, seul un nombre limité de séquences est disponible. Cela limite la capacité à comparer les souches, à comprendre leur évolution et à identifier les mutations clés liées à la virulence ou à la transmissibilité.
Les causes de cette pénurie sont principalement techniques et logistiques, mais il existe également un manque de sensibilisation collaborative entre les pays. La manipulation du virus de la PPA nécessite des laboratoires de haute sécurité (BSL-3), et seuls quelques centres sont équipés pour effectuer des analyses génomiques complètes. En outre, le séquençage d'un génome de cette taille implique des coûts et des délais nettement supérieurs à ceux d'autres virus.
Le cas de l'Italie : un laboratoire naturel
Une contribution fondamentale à notre connaissance du virus de la PPA nous est récemment parvenue d'Italie. L'étude « Caractérisation moléculaire des premières souches de génotype II du virus de la peste porcine africaine identifiées dans la péninsule italienne » (Giammarioli et al., 2023) a fourni la première caractérisation moléculaire des souches de génotype II identifiées dans la péninsule, révélant leur lien étroit avec les souches répandues en Europe de l'Est.
Par la suite, une autre étude publiée en 2025, intitulée « Une approche génomique globale identifie une délétion naturelle de fragments importants dans des souches du virus de la PPA circulant en Italie en 2023 » (Torresi et al., 2025), a identifié d'importantes délétions naturelles dans certaines souches virales. Ces mutations, qui entraînent la perte de portions entières du génome, pourraient influencer la virulence ou la capacité du virus à échapper à la réponse immunitaire, bien que leur importance biologique reste à clarifier.
Génotypes, sérotypes et propagation mondiale
Le virus de la PPA est classé en au moins 24 génotypes différents, basés sur la séquence du gène B646L (qui code la protéine p72), et presque autant de sérotypes, les 8 plus courants étant déterminés par la variabilité de la protéine CD2v (EP402R). Cependant, la corrélation entre génotype, sérotype et virulence n'est pas encore bien comprise : les virus d'un même génotype peuvent avoir des comportements épidémiologiques différents.
Une récente étude phylogénétique, « Contribution phylogénétique à la compréhension de la propagation panzootique de la peste porcine africaine : de l'échelle mondiale à l'échelle locale » (Rossi et al., 2025), a contribué de manière décisive à clarifier les mécanismes de propagation du virus à l'échelle mondiale et locale, en soulignant comment de petits événements évolutifs et des mutations ponctuelles peuvent influencer la géographie des épidémies. Ce type d'approche phylogénétique est crucial pour retracer l'histoire phylogéographique du virus et interpréter ses voies de propagation.
Figure 2. Propagation mondiale du virus de la PPA (Rossi et al. bioRxiv 2025).
Les nouvelles technologies, un casse-tête à résoudre
Aujourd'hui, les nouvelles plateformes de séquençage et les outils bioinformatiques avancés ouvrent des perspectives sans précédent. Les techniques de séquençage à lecture longue permettent de lire de très longs segments d'ADN, réduisant ainsi les erreurs dans les régions répétitives. Dans le même temps, l'intégration avec des données protéomiques et structurelles pourrait aider à déchiffrer la fonction de nombreux gènes encore « orphelins de sens ».
Cependant, tant que les génomes complets resteront rares et que la coopération scientifique internationale sera limitée, le virus de la peste porcine africaine restera, d'un point de vue génétique, un géant enveloppé de mystère.
