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La recombinaison est un processus naturel et un facteur déterminant de l'évolution génétique du virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (SDRPv). Depuis la fin des années 90, l'apparition de recombinaisons a été signalée dans des expériences en laboratoire sur des cultures cellulaires. Pour que la recombinaison ait lieu, deux virus doivent infecter une cellule et se répliquer, en échangeant du matériel génétique entre eux et en donnant naissance à un nouveau virus descendant (Figure 1).
Figure 1 : Représentation d'une recombinaison générant un nouveau virus. La région située avant et après les points d'intersection des deux lignes indique la partie de génomes reçus des deux virus parentaux. Les régions du génome sont représentées dans la partie supérieure.
La littérature récente fait état de recombinaisons entre :
- Virus de terrain.
- Virus de vaccins vivants modifiés (MLV - Modified Live Vaccine).
- Entre virus de terrain et virus vaccinaux.
Les événements de recombinaison ont peut-être toujours existé dans les élevages, mais ce qui a changé ces dernières années, c'est notre capacité à les détecter grâce à l'utilisation croissante du séquençage de nouvelle génération (NGS - Next Generation Sequencing), comme l'explique l'article "Diagnostic moléculaire du SDRP : quand séquencer seulement 4 % ne suffit pas" et la disponibilité d'outils bioinformatiques pour l'analyse des recombinaisons.
De nombreuses recombinaisons qui ont lieu sur le terrain peuvent générer des virus non viables ou des virus qui ne parviennent pas à établir une infection stable et à persister dans la population. La plus grande préoccupation pour la santé animale provient des recombinaisons entre deux virus de terrain différents (Figure 2).
Les souches émergentes récentes Rosalía et L1C.5 sont des exemples de souches agressives de SDRP issues de la recombinaison de virus de terrain et qui se sont établies de manière endémique dans la population porcine, provoquant des signes cliniques agressifs.
Cependant, la question qui reste en suspens est la suivante :
- Pourquoi existe-t-il une perception selon laquelle il y a davantage SDRPv recombinants dérivés de virus vaccinaux vivants ?
- Que se passe-t-il avec ces nouveaux virus ?
Les recommandations figurant dans la notice des vaccins vivants modifiés indiquent leur utilisation chez des animaux sains afin de développer une immunité individuelle avant une infection par un virus sauvage. Dans la lutte contre les souches de SDRP de terrain, les virus vaccinaux MLV co-circulent souvent avec les virus de terrain. Les virus recombinants dérivés de souches vaccinales ne sont pas aussi agressifs que les virus de terrain ou les recombinants de virus de terrain (Figure 2).
Aux États-Unis, des rapports indiquent que l'adoption de mesures telles que le renforcement des pratiques de confinement biologique et de biosécurité afin d'éviter la propagation du virus entre les salles de maternité, ainsi que l'amélioration de l'immunité individuelle des porcelets, ont donné des résultats prometteurs dans la réduction des implications cliniques de ces SDRPv-2 dérivés de virus MLV récemment apparus. En Europe, il a également été rapporté que, dans le cadre d'essais cliniques, les recombinants SDRPv-1 dérivés de virus MLV vaccinaux ne sont pas aussi bénins que les virus MLV ni aussi agressifs que les virus de terrain. Les virus recombinants chimériques du SDRPv-2 produits en laboratoire à partir de virus de terrain et de virus MLV inoculés expérimentalement à des porcs ont montré des signes cliniques moins agressifs que les virus de terrain, mais pas des effets cliniques aussi bénins que les virus vaccinaux (figure 2). En outre, des rapports indiquent que des virus récupérés dans des élevages, qui se sont avérés être des virus recombinants de terrain, entre des souches vaccinales et des souches de terrain, ont posé des difficultés supplémentaires pour leur croissance en culture cellulaire.
Figure 2 : Implications cliniques et capacité bioinformatique à détecter la recombinaison entre différents SDRPv.
| Souche SDRP |
Conséquences cliniques |
Capacité bioinformatique pour détecter la recombinaison |
|---|---|---|
| Virus vivant modifié (MLV) |  |
 |
| Recombinant MLV & MLV | ||
| Recombinant MLV & SDRPv terrain | ||
| SDRPv terrain | ||
|
Recombinant SDRPv terrain & SDRPv terrain |
Une autre approche utilisée dans certains pays pour gérer le SDRPv consiste à mettre en œuvre l'inoculation de virus vivants (LVI - Live Virus Inoculum), qui implique de prélever des échantillons (tels que du sérum ou des poumons) directement dans l'élevage, de confirmer la présence du SDRPv par RT-PCR, de diluer les échantillons dans un milieu et d'exposer les animaux au virus présent dans l'élevage.
Les virus de terrain ne sont pas atténués et, en particulier, la LVI pourrait contenir, sans le savoir, plusieurs souches de SDRPv, créant ainsi une opportunité de recombinaison des virus de terrain.
En outre, l'utilisation de matériel pour la LVI n'est pas légalement approuvée dans de nombreux pays et peut contenir d'autres agents pathogènes circulant dans le sang des donneurs, par exemple le circovirus porcin, le parvovirus porcin, etc., ce qui pose des problèmes supplémentaires pour le contrôle des maladies.
Quelles sont les implications de la présence de plusieurs souches et/ou recombinants du SDRP ?
- Les élevages reproducteurs infectés par ≥ 3 souches de SDRPv ont enregistré 1 837 porcelets morts supplémentaires pour 1 000 truies, par rapport aux élevages infectés par ≤ 2 souches, ce qui confirme le fait que plus il y a de souches de SDRPv circulant dans la population/l'élevage/les porcs, plus l'impact/les signes cliniques sont importants (plus il y a de souches, plus c'est grave) ;
- Les élevages reproducteurs avec ≥ 3 souches de SDRPv détectées pendant l'élimination du virus ont mis 12 semaines de plus pour atteindre la stabilité par rapport aux élevages avec ≤ 2 souches ;
- Les élevages où une souche recombinante du SDRP a été identifiée au moment de l'épidémie ont enregistré 1 827 porcelets morts supplémentaires pour 1 000 truies par rapport aux élevages où aucune souche recombinante n'a été détectée.
Le contrôle du SDRP peut contribuer à réduire l'apparition d'événements de recombinaison
En voici quelques exemples :
- Éviter l'introduction de cochettes infectées par un SDRPv différent de celui présent à ce moment-là dans l'élevage reproducteur.
- Éviter de mélanger des porcelets et/ou des porcs d'engraissement infectés par différentes souches de SDRPv présentes dans le champ.
- Analyser les échantillons pour le SDRPv par séquençage de dernière génération (NGS - next-generation sequencing) avant l'inoculation et éviter l'utilisation de matériel pour la LVI contenant plusieurs SDRPv génétiquement différents.
- Si le matériel destiné à la LVI contient un virus similaire à un virus vaccinal vivant modifié, utiliser le virus MLV extrait d'un flacon de vaccin plutôt qu'un virus provenant de l'élevage.
Lors de l'utilisation d'un vaccin vivant contre le SDRP, éviter de mélanger ou d'injecter deux vaccins vivants simultanément. Éviter également de faire tourner les vaccins vivants contre le SDRP au sein d'un élevage ou d'un flux de production.
Suivre scrupuleusement les recommandations figurant sur l'étiquette des vaccins vivants qui indiquent leur utilisation chez des animaux sains afin d'induire une immunité individuelle avant une infection attendue par un virus de terrain.
Le virus du SDRP est déjà en soi un agent pathogène qui représente un défi pour la santé animale et continue d'évoluer génétiquement au fil du temps. Le contrôle du SDRP améliore non seulement la productivité, mais réduit également les risques que différents virus de terrain se recombinent et donnent naissance à d'autres virus plus virulents.
