Mieux comprendre la grippe porcine : le diagnostic (1/3)

Les infections par le virus de la grippe A (IAV) constituent un défi majeur pour la recherche et la pratique dans le monde entier, non seulement chez les truies, mais aussi chez les porcelets et les porcs d'engraissement. Actuellement, les virus grippaux sont endémiques dans de nombreux élevages de porcs, avec un tableau clinique très variable et un diagnostic souvent compliqué par des co-infections. Dans de nombreux cas, l'identification du virus de la grippe impliqué dans la maladie nécessite la détection de l'agent pathogène au-delà de la tranche d'âge cliniquement affectée. La dynamique croissante de l'évolution génétique des virus de la grippe et la variation de leur infectiosité et de l'expression de la maladie exigent de l'expérience et de l'expertise pour interpréter les résultats du diagnostic. Dans ce premier de trois articles consécutifs, nous nous concentrerons sur les dernières nouvelles concernant le virus et son approche diagnostique. Dans la deuxième partie, nous détaillerons la maladie clinique et les co-infections et dans le troisième article, nous donnerons un aperçu des stratégies de contrôle.

Les virus de l'influenza A (IAV) chez les porcs sont des virus à ARN enveloppés appartenant à la famille des Orthomyxoviridae. L'une de leurs caractéristiques est que leur génome est constitué de huit segments de gènes, chacun codant pour au moins une protéine. Deux des huit segments sont responsables des structures antigéniques de surface connues sous le nom d'hémagglutinine (HA) et de neuraminidase (NA) (figure 1). Les IAV sont classés en sous-types en fonction de ces structures et, à ce jour, dix-huit sous-types HA et onze sous-types NA ont été identifiés.

Jusqu'en 2009, trois sous-types circulaient chez les porcs (swIAV) : H1avN1, H1huN2 et H3huN2. À l'époque, seuls quelques génotypes distincts, définis par tous les segments du génome, avaient été identifiés. Ce scénario a changé avec l'arrivée de la souche pandémique H1pdmN1pdm lors de la pandémie de grippe de 2009. Des données récemment publiées (Henritzi et al. 2020) montrent qu'il existe désormais 31 génotypes de swIAV distincts résultant du réassortiment génétique des huit segments entre H1pdmN1pdm et les précédentes lignées swIAV circulant en Europe. Cette surveillance passive a été menée dans 2 457 élevages de dix-sept pays européens entre 2015 et 2017. Elle a révélé que le swIAV peut être détecté dans les élevages tout au long de l'année et que, contrairement à la grippe humaine, il n'est donc pas saisonnier. Des différences ont été constatées dans la répartition des sous-types selon les régions.

Différentes méthodes de diagnostic sont disponibles pour la détection directe du swIAV. La méthode et le nombre d'échantillons doivent être choisis en fonction de la situation de l’élevage. Les écouvillons nasaux conviennent à la détection des protéines matricielles du virus de la grippe porcine par PCR. En cas de résultat positif avec une charge virale adéquate, le typage peut être effectué par RT-PCR spécifique pour l'HA et la NA. Il convient de noter que les animaux n'excrètent généralement le virus que pendant 5 à 7 jours après l'infection et l'éliminent des poumons en 9 jours environ. Par conséquent, il est essentiel de choisir le bon moment pour effectuer les prélèvements par les différentes méthodes (écouvillons nasaux, lavage broncho-alvéolaire ou pulmonaire). Comme le tableau clinique est souvent compliqué par des infections secondaires, il se peut que le virus de la grippe porcine ne soit plus détectable lorsque les symptômes les plus graves se manifestent. En cas d'infection par différents sous-types du virus de swIAV,, tous les sous-types impliqués ne seront pas détectés de la même manière. Dans les élevages où la grippe est endémique et où les symptômes cliniques ne sont pas clairs, il est recommandé d'utiliser des méthodes de screening (échantillons de frottis de mamelle, échantillons de fluides oraux) dans différents groupes d'âge.

Si cinq écouvillons nasaux sont analysés par PCR dans un échantillon groupé, il n'y a pratiquement pas de perte de sensibilité. Cela peut augmenter le taux de détection, car les pools permettent de traiter un plus grand nombre d'échantillons avec le même effort. Par conséquent, l'écouvillon nasal reste essentiel pour le diagnostic de la grippe. La bonne qualité de l'échantillon permet souvent le typage et la culture. Il est important que les échantillons soient envoyés réfrigérés au laboratoire par messagerie express. En cas d'épidémie aiguë, les échantillons doivent être prélevés sur des animaux récemment tombés malades et fiévreux. Dans les élevages infectés de manière endémique, la sélection des animaux à échantillonner doit être adaptée au fait que les animaux présentant des symptômes typiques, tels qu'une température élevée, sont moins évidents. La détection précoce du virus est souvent possible chez les porcelets sous la mère qui ne présentent pas de signes cliniques visibles. Comme les anticorps maternels protègent contre la maladie, mais pas contre l'infection, les porcelets de lait peuvent l'excréter et la transporter dans le PS. Le mélange des porcelets permet une propagation très rapide du virus, c'est pourquoi la période qui suit immédiatement le sevrage est propice à l'échantillonnage. Les animaux des groupes d'âge qui présentent régulièrement des signes cliniques (éternuements, rhumes, toux, fièvre, retards soudains) devraient également faire l'objet d'un prélèvement. Il est donc indiqué de procéder à des tests transversaux en prélevant des échantillons dans différents groupes d'âge en même temps afin d'obtenir la meilleure vue d'ensemble des souches de swIAV circulant dans l’élevage.

Comme il s'agit d'une méthode indirecte (détection d'anticorps), un test d'inhibition de l'hémagglutination (IHA) sur des échantillons de sérum provenant d'animaux de préférence non vaccinés peut indiquer l'existence d'autres sous-types qui n'ont pas été détectés directement auparavant. L'IHA repose sur le fait que les anticorps inhibent l'effet de coagulation sanguine de l'IAV. Si le sérum d'un porc peut empêcher la coagulation du sang par les souches de virus grippal utilisées dans le test, cela indique que le porc a développé des anticorps spécifiques contre des sous-types similaires. L'IHA présente donc un avantage par rapport à l'ELISA, qui ne peut fournir que des informations sur la grippe A en général. Toutefois, les échantillons de sérum prélevés sur des porcelets jusqu'à la fin du PS ne révèlent souvent pas la présence d'anticorps, même si les animaux ont été en contact avec le virus de la grippe porcine pendant la période de PS. La séroconversion peut être entravée par les anticorps maternels, qui atteignent les porcelets non seulement à partir des truies vaccinées, mais aussi à partir des truies précédemment infectées. Par conséquent, la prise de sang au moment du post-sevrage n'est pas concluante, mais des échantillons de sérum appariés provenant de porcs d'engraissement, de cochettes ou de truies peuvent donner de bons résultats.

Bien que les diagnostics soient souvent très laborieux, ils sont le seul moyen de déterminer les souches circulant dans l'élevage et le moment de l'infection. Il s'agit d'une condition préalable à la mise en œuvre de mesures de conduite et de protocoles de vaccination adéquats.