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L'analyse de plus de 3.000 séquences d'ARNr 16S de porcelets logés dans trois environnements différents, en plein-air, en bâtiments ou dans des boxes isolés avec des antibiotiques quotidiens, a révélé des différences sur la microflore de l'iléon des porcs adultes.
Ces différences sont dues aux différentes ambiances dans lesquelles ils ont été exposés au début de leur vie. On a prélevé des échantillons iléaux et fécaux le 56ème jour de l'expérience et on les a complétés avec des échantillons fécaux de truies adultes en plein-air et en bâtiments pour confirmer que l'environnement était la cause principale des différences expérimentales.
Répartition phylogénétique des clônes obtenus à partir des échantillons iléaux et fécaux en fonction des différents environnements.
Graphique 1.-La majorité des clones ont été assignés aux phylums Firmicutes, Proteobacteria, Bacteroidetes et Actinobacteria.
Le phylum Firmicutes a été significativement plus élevé dans le groupe plein-air (OUT) par rapport au lot logé dans des boxes individuels (IR).
Le phylum bactéroïdètes a été significativement plus important dans les échantillons fécaux de truies adultes en bâtiments (INS) et plein-air (OUTS) par rapport aux échantillons iléaux
Présence de lactobacilles dans des échantillons iléaux et fécaux selon les différents environnements
La famille Lactobacillaceae comprend L. reuteri, L. amylovorous LAB31, L. johnsonii, L. delbrueckii subsp. bulgaricus, L. salivarius et L. mucosae.
L. reuteri, L. delbrueckii et L. johnsonii ont été moins présents sur les animaux en bâtiments (IN) et sur ceux logés en cases individuelles avec antibiotiques (IR) en comparaison avec le lot plein-air (OUT).
Les porcs logés à l'extérieur ont montré une prédominance de Firmicutes, en particulier Lactobacillus, tandis que les animaux logés dans un bâtiment à l'hygiène plus renforcée, ont présenté, moins de Lactobacillus et un plus grand nombre de phylotypes potentiellement pathogènes.
L'étude a révélé une forte corrélation négative entre l'abondance de Firmicutes et les populations de bactéries pathogènes dans l'intestin, surtout sur les animaux logés individuellement avec antibiotiques. Les animaux élevés à l'intérieur ont montré une plus grande expression d'interféron Type 1, du complexe d'histocompatibilité et de plusieurs cytokines.
L'environnement des premières étapes affecte significativement autant la composition microbienne de la muqueuse intestinale de la vie adulte que l'immunologie.
IE Mulder, et al. Environmentally-acquired bacteria influence microbial diversity and natural innate immune responses at gut surfaces. BMC Biology 2009, 7:79
