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Le but de cette étude était d'évaluer des méthodes alternatives pour la détection et la caractérisation des Escherichia coli (E coli) dans les cas réels de diarrhée chez les porcelets sevrés. A cette fin, on a réalisé des échantillons par écouvillons, ou par prélèvement de tissu intestinal de porcs pour comparer les isolats d’ E. coli, la corrélation des deux antibiogrammes et le génotypage des gènes qui codent pour dles pili et les toxines.
On a pris un échantillon de tissu, deux écouvillons rectaux et deux intestinaux de 15 porcelets issus de 4 fermes différentes. Sur les cultures obtenues, on a réalisé un antibiogramme (ceftiofur, gentamicine, néomycine, et triméthoprime / sulfaméthoxazole) et une PCR pour identifier les gènes de pili (F18 et K88) et les producteurs de toxines (STA, STB et LT). Les résultats ont été évalués pour voir le degré de concordance au niveau de l’animal et de l’élevage.
E. coli a été isolé dans les deux méthodes, mais le génotype était différent dans 64% des cas au niveau de l'animal. Au niveau de l’élevage, dans 3 des 4 fermes, les génotypes E coli identifiés par les deux méthodes ne concordaient pas. Dans ces élevages, il y avait aussi des différences concernant les antibiogrammes. Ceci suggère qu’il faut beaucoup d’échantillons pour une caractérisation correcte de la population de E. coli dans les conditions du terrain et que, en tenant compte des deux résultats, il est plus probable d'obtenir un traitement efficace pour l'ensemble de l'exploitation.
La prise d’échantillons de tissus permet l'autopsie de l'animal, ce qui permet l'observation des lésions ; en revanche, l’utilisation d’écouvillons permet un échantillonnage beaucoup plus vaste sans la nécessité d'abattre plus d’animaux, bien qu’elle ne puisse pas remplacer complètement les diagnostics supplémentaires qui peuvent être effectuées à partir des échantillons de tissus. L'utilisation d’écouvillons peut être un moyen économique d'étendre la collecte d'échantillons pour des identifications complexes d’E. coli.
J LeKander, AK Johnson. Comparison of Swabs and Tissue for Detection and Characterization of Escherichia coli in Clinical Post-weaning Diarrhea Cases. 2011. Iowa State University Animal Industry Report 2011
